Ο αμέθυστος είναι ένα τριμερές κρυσταλλικό σύστημα, ο κρύσταλλος είναι εξαγωνικός σε στήλη, η κυλινδρική επιφάνεια είναι εγκάρσια, υπάρχουν αριστερό σχήμα και δεξί σχήμα, διπλό κρύσταλλο είναι πολύ κοινό.Η σκληρότητα είναι 7. Ο κρύσταλλος περιέχει συχνά ακανόνιστα ή φτερωτά εγκλείσματα αερίου-υγρού.